公司卖掉存货实际上就算销售商品，根据实际情况确认应收账款等，并确认主营业务收入和对应的税费，其分录为，

借：应收账款—XX公司，

贷：主营业务收入，

应交税费—应交增值税—销项税额。

如果小微企业免税的，可以做如下分录结转，

借：应交税费—应交增值税，

贷：营业外收入—税收减免。