自然人股权变更个税缴纳：

自然人股东直接进行股权转让需要缴纳个人所得税、印花税；根据国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告 国家税务总局公告2014年第67号 缴纳个人所得税第四条 个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。