软件企业工资根据员工任职的部门不同计入不同的会计科目。

管理部门员工工资计入管理费用，

销售部门员工工资计入销售费用，

研发部门的员工工资计入研发支出，发生的费用化支出月末的时候结转到管理费用科目。资本化支出后期结转到无形资产入账成本。