当总机构与分支机构不位于同一县(市)时，它们应分别向各自所在地的主管税务机关进行纳税申报。然而，如果得到国务院财政、税务主管部门或其授权的财政、税务机关的批准，总机构可汇总向其所在地的主管税务机关进行纳税申报。因此，分公司一旦办理了税务登记，就成为独立的增值税纳税人，需要单独申报并缴纳增值税。反之，若未办理税务登记且得到相应批准，则由总机构负责汇总缴纳增值税。