处理发票报销问题时，需要根据具体情况采取不同的措施：

首先，如果发票开具不符合规定，应要求商家重新出具合规的发票。

其次，若发票内容与企业财务制度不符，则这类发票无法进行报销。

最后，对于那些实际发生且与企业经营相关但因发票不规范而无法重开的凭证，企业可以选择将其作为真实的入账处理，但在税务上不能进行扣除，需要进行费用调减处理。