货物运输代理合同需缴纳印花税，该税种依据运输费用计算，但不包括货物价值、装卸费及保险费。其税率设定为千分之五。印花税的纳税人涵盖多种角色：签订合同的一方、出具凭据者、账簿记录人、凭证领取者、使用者以及各类电子应税凭证的签署者。