耕地占用税的核算取决于企业用地的具体用途。对于一般企业而言，若其购买土地用于建设厂房，那么所缴纳的耕地占用税应计入在建工程科目进行核算；而对于房地产开发企业来说，当它们购置土地用以开发商品房时，相应的耕地占用税则需要通过开发成本科目来处理。