纳税人在以下情况下会被认定为非正常户：

首先，如果纳税人负有纳税申报义务，但连续三个月所有税种均未进行纳税申报，税务机关将依法责令其限期改正。若纳税人逾期不改正，税收征管系统会自动将其认定为非正常户，并停止其发票领用簿和发票的使用。

其次，已认定为非正常户的纳税人，就其逾期未申报行为需要接受处罚、缴纳罚款，并补办纳税申报。此时，税收征管系统会自动解除非正常状态，无需纳税人专门申请解除。