根据国家税务总局的规定，企业可以依据其获取的通行费发票上的收费金额来计算可抵扣的进项税额。

具体而言，高速公路通行费的可抵扣进项税额计算公式为：高速公路通行费发票上注明的金额÷(1 3%)×3%。而对于一级公路、二级公路、桥梁及水闸等其他类型的通行费，其可抵扣进项税额的计算方式则是：一级公路、二级公路、桥梁及水闸通行费发票上注明的金额÷(1 5%)×5%。