在处理综合所得汇算清缴时，需注意以下几种情况：

1. 当纳税人在一个纳税年度内从多个来源获取综合所得，并且这些所得扣除三险一金等专项扣除后的余额超过6万元时。

2. 如果个人获得劳务报酬、稿酬或特许权使用费等一项或多项收入，且这些收入的年总额减去相关扣除后也超过了6万元门槛。

3. 此外，如果预扣预缴阶段所缴纳的税款少于依法计算得出的实际应缴税款，则也需要进行汇算清缴。