折扣发票做账时，当商品折扣直接在发票中减去，发票总金额为商品折扣后金额。那么凭证制作应当如下：
借：应收账款—供应商 贷：主营业务收入 应交税费—应交增值税（销项税额）
根据《营业税暂行条例实施细则》第十五条的规定，纳税人发生应税行为时，如果将价款与折扣额在同一张发票上注明，则以折扣后的价款作为营业额；如果将折扣额另开发票，无论在财务上如何处理，均不得从营业额中扣除。尽管我们现在已经全面实施营改增，但折扣的执行原则仍然相同。
在折扣发票做账时，需要注意以下几点：
1. 发票总金额为商品折扣后金额。这意味着发票上的金额应该是经过折扣后的实际支付金额。
2. 凭证制作时，借方应记入应收账款—供应商，表示公司应向供应商收取的款项。
3. 贷方应记入主营业务收入，表示公司实际销售的商品或提供的服务所获得的收入。
4. 应交税费—应交增值税（销项税额）应记入贷方，表示公司应向税务部门缴纳的增值税。
需要注意的是，《营业税暂行条例实施细则》对于折扣的处理规定了两种情况：
1. 如果将价款与折扣额在同一张发票上注明，则以折扣后的价款作为营业额。这意味着发票上的金额应该是经过折扣后的实际支付金额。
2. 如果将折扣额另开发票，无论在财务上如何处理，均不得从营业额中扣除。这意味着如果将折扣额单独开具发票，即使财务上将其视为收入，也不能从营业额中扣除。
尽管我们已经全面实施营改增，但折扣的执行原则仍然相同。无论是在折扣发票做账还是处理折扣时，都应遵守相关规定，确保账务的准确性和合规性。