增值税一般纳税人的当期应纳税款计算方式为：当期销项税款减去当期进项税、上期留底和可以抵扣的预交增值税。会计科目核算中，应在“应交增值税”明细账内设置多个专栏，包括“进项税额”、“销项税额抵减”、“已交税金”、“转出未交增值税”、“减免税款”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”和“转出多交增值税”。
这些专栏的具体含义如下：1. “进项税额”记录购进货物、劳务、服务、无形资产或不动产时支付或负担的、准予从当期销项税额中抵扣的增值税额；2. “销项税额抵减”记录因扣减销售额而减少的销项税额；3. “已交税金”记录当月已交纳的应交增值税额；4. “转出未交增值税”和“转出多交增值税”分别记录月度终了转出当月应交未交或多交的增值税额；5. “减免税款”记录按现行增值税制度规定准予减免的增值税额；6. “出口抵减内销产品应纳税额”记录实行“免、抵、退”办法的一般纳税人按规定计算的出口货物的进项税抵减内销产品的应纳税额；7. “销项税额”记录销售货物、劳务、服务、无形资产或不动产应收取的增值税额；8. “出口退税”记录出口货物、劳务、服务、无形资产按规定退回的增值税额；9. “进项税额转出”记录购进货物等发生非正常损失以及其他原因而不应从销项税额中抵扣、按规定转出的进项税额。
此外，还有其他一些会计科目，如“未交增值税”、“预交增值税”、“待认证进项税额”、“待转销项税额”、“增值税留抵税额”、“简易计税”、“转让金融商品应交增值税”和“代扣代交增值税”。小规模纳税人则采用简易征收方式，专票按发票上税额纳税，普票看是否符合小规模相关优惠，符合部分转营业外收入。会计科目只需在“应交税费”科目下设置“应交增值税”明细科目，不需要设置上述专栏及除“转让金融商品应交增值税”、“代扣代交增值税”外的明细科目。