发放工资时，公司需要从银行存款中扣除应付给员工的薪酬。同时，还需要支付员工个人承担的社保和住房公积金部分，以及应交的个人所得税。
具体操作如下：
1. 借：应付职工薪酬-工资 贷：银行存款
2. 借：其他应付款-社保（个人承担部分） 其他应付款-住房公积金（个人负担部分） 贷：银行存款
3. 缴纳社保和申报个税： 借：应交税费-应交个人所得税 贷：银行存款
4. 企业需要支付员工个人不承担的社保和住房公积金部分： 借：应付职工薪酬-住房公积金（企业承担部分） 应付职工薪酬-社保（企业承担部分） 贷：银行存款
补充说明：在计提工资时，公司需要根据员工所在的部门，将工资、住房公积金和社保分别计入相应的费用科目。具体如下：
1. 借：生产成本、制造费用、管理费用、销售费用等-工资 贷：应付职工薪酬-工资
2. 借：生产成本、制造费用、管理费用、销售费用等-住房公积金 贷：应付职工薪酬-住房公积金（企业承担部分）
3. 借：生产成本、制造费用、管理费用、销售费用等-社保 贷：应付职工薪酬-社保（企业承担部分）