注册会计师的独立性可以从实质和形式两个方面来理解。
实质上的独立性，是一种内心状态。它要求注册会计师在提出结论时不受任何可能损害其职业判断的因素影响。他们需要能够诚实公正地行事，并保持客观和职业怀疑的态度。这种独立性是注册会计师专业精神的核心，也是他们能够提供高质量会计服务的基础。
形式上的独立性，主要是指注册会计师需要避免出现任何可能导致第三方推断其诚信、客观或职业怀疑态度已经受到损害的重大事实和情况。同时，他们与被审查的企业或个人之间不能有任何特殊的利益关系。例如，他们不能拥有被审查企业的股权，不能担任被审查企业的高级职务，不能是企业的主要贷款人，资产受托人，或者与管理当局有亲属关系等。
注册会计师审计的独立性主要体现在以下三个方面：
首先，审计机构的地位。审计机构的设立应由部门、单位的主要负责人直接领导，其地位和职权应超越部门、单位的其他职能部门，以便于审计人员能够独立地开展工作。
其次，审计机构的职权。部门和单位应赋予内部审计机构一定的职权。例如，内部审计机构人员有权检查会计凭证、财产等账务内容；审计人员对在审计过程中发现的问题，有权向有关单位进行调查，并索取证明资料；对涉及违反财经法纪等造成重大损失的人员，有权向领导提出追究责任的建议。
最后，审计的工作上的独立。这是指内部审计人员要站在国家的立场上独立地开展工作。在审计计划编制和调查取证过程中，审计人员要保持超然立场，不得被他人所干扰自我的正确判断。在审计工作结束后，审计人员需对审计事项作出客观评价。