免税农产品普通发票抵扣的方式如下：

企业在购买农业生产者销售的免税农产品时，可以凭借销售方开具的免税农产品普通发票进行抵扣。

抵扣税额按照发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算，即抵扣税额 = 买价 × 13%。

企业需将购买免税农产品的相关信息及发票信息，在企业所得税年度汇算清缴时申报抵扣，并提供相关凭证和资料。